• ماده ۹۷، تشخيص علي الراس درآمد مشمول ماليات مودي (در صورت عدم تسليم ترازنامه يا حساب سود و زيان يا حساب درآمد و هزينه و حساب سود و زيان، خودداري از ارائه اسناد و مدارک در محل کار خود به‌رغم درخواست کتبي اداره امور مالياتي و نظر هيات سه نفره موضوع بند ۳ ماده ۹۷ مبني بر رد دفاتر)
• ماده ۹۸، انتخاب قراين و اعمال ضريب براي تعيين درآمد مشمول ماليات در موارد تشخيص علي الراس
• ماده ۱۵۲، فهرست قراين مالياتي
• ماده ۱۵۳، ضرايب مالياتي
• ماده ۱۵۴، نحوه تنظيم و ابلاغ جدول ضرايب تشخيص درآمد مشمول ماليات
• ماده ۲۷۱، انفصال ماموران مالياتي از اشتغال در رده مامور مالياتي به شرطي که در يک سال مالياتي، بيش از يک پنجم نظريات اداره امور مالياتي منتج به مردودي دفاتر شده باشد.
يکي از نکات مثبت قانون اصلاح قانون ماليات‌هاي مستقيم مصوب ۳۱ تير ماه ۱۳۹۴ مجلس شوراي اسلامي، اصلاح ماده ۹۷ و حذف مواد ۹۷، ۹۸، ۱۵۲، ۱۵۳، ۱۵۴ و ۲۷۱ قانون ماليات‌هاي مستقيم سال ۱۳۸۱ بود.
به موجب ماده ۹۷ اصلاحي سال ۱۳۹۴: «درآمد مشمول ماليات اشخاص حقيقي موضوع اين قانون که مکلف به تسليم اظهارنامه مالياتي هستند به استناد اظهارنامه مالياتي مودي که با رعايت مقررات مربوط تنظيم و ارائه شده و مورد پذيرش قرار گرفته باشد، خواهد بود. سازمان امور مالياتي کشور مي‌تواند اظهار‌نامه‌هاي مالياتي دريافتي را بدون رسيدگي قبول و تعدادي از آنها را بر اساس معيارها و شاخص‌هاي تعيين شده يا به‌طور نمونه انتخاب و برابر مقررات مورد رسيدگي قرار دهد. در صورتي که مودي از ارائه اظهارنامه مالياتي در مهلت قانوني و مطابق با مقررات خودداري کند، سازمان امور مالياتي کشور نسبت به تهيه اظهارنامه مالياتي برآوردي بر اساس فعاليت و اطلاعات اقتصادي کسب شده موديان از طرح جامع مالياتي و مطالبه ماليات متعلق به موجب برگ تشخيص ماليات اقدام مي‌کند. در صورت اعتراض مودي چنانچه ظرف ۳۰ روز از تاريخ ابلاغ برگ تشخيص ماليات، نسبت به ارائه اظهارنامه مالياتي طبق مقررات مربوطه اقدام کند، اعتراض مودي طبق مقررات اين قانون مورد رسيدگي قرار مي‌گيرد. اين حکم مانع از تعلق جريمه‌ها و اعمال مجازات‌هاي عدم تسليم اظهارنامه مالياتي در موعد مقرر قانوني نيست. حکم موضوع تبصره ماده ۲۳۹ اين قانون در اجراي اين ماده جاري است.»
همچنين به موجب تبصره ماده ۹۷ اصلاحي سال ۱۳۹۴: «سازمان امور مالياتي کشور موظف است ظرف مدت سه سال از تاريخ ابلاغ اين قانون، بانک اطلاعاتي مربوط به نظام جامع مالياتي را در سراسر کشور مستقر و فعال کند. طي اين مدت، در ادارات امور مالياتي که نظام جامع مالياتي به‌صورت کامل به اجرا در نيامده است، مواد ۹۷، ۹۸، ۱۵۲، ۱۵۳، ۱۵۴ و ۲۷۱ قانون ماليات‌هاي مستقيم مصوب سال ۱۳۸۰ مجري خواهد بود.»
همان طور که مشخص است، قانون گذار با اصلاح ماده ۹۷ و ابطال ۵ ماده ديگر از قانون ماليات‌هاي مستقيم سال ۱۳۸۰، عملا به تشخيص ماليات از طريق علي‌الراس و سازو کارهاي آن از جمله هيات سه‌نفره موضوع بند ۳ آن از محدوده زماني تعيين شده در تبصره اصلاحيه ماده ۹۷ خاتمه داده است. به موجب اين تبصره اصلاحي، سازمان امور مالياتي موظف شده حداکثر ظرف مدت سه سال از تاريخ ابلاغ اين قانون بانک اطلاعات مربوط به نظام جامع مالياتي را در سراسر کشور مستقر و فعال کند و تنها طي اين مدت ۳ سال است که مواد ۹۷، ۹۸، ۱۵۲، ۱۵۳، ۱۵۴ و ۲۷۱ قانون ماليات‌هاي مستقيم مصوب سال ۱۳۸۰ آن هم فقط در ادارات امور مالياتي که نظام جامع مالياتي به‌صورت کامل به اجرا در‌نيامده است، مجري خواهد بود. قانون يادشده در تاريخ ۷/ ۵/ ۱۳۹۴ به تصويبمجلس شوراي اسلامي رسيده، در تاريخ ۱۹/ ۵/ ۱۳۹۴ به تاييد شوراي نگهبان رسيده، در تاريخ ۱۹/ ۵/ ۱۳۹۴ توسط رئيس مجلس شوراي اسلامي به رئيس‌جمهور ابلاغ شده، در تايخ ۲۷/ ۵/ ۱۳۹۴ توسط رئيس‌جمهور به وزير امور اقتصادي و دارايي ابلاغ شده و در تاريخ ۲۹/ ۵/ ۱۳۹۴ در روزنامه رسمي جمهوري اسلامي ايران منتشر شده است.
به‌رغم پايان مهلت سه ساله مندرج در تبصره ماده ۹۷ اصلاحي سال ۱۳۹۴، متاسفانه کماکان شاهد اجراي مواد منسوخ ۹۷، ۹۸، ۱۵۲، ۱۵۳، ۱۵۴ و ۲۷۱ قانون ماليات‌هاي مستقيم مصوب سال ۱۳۸۰ به خصوص برگزاري جلسات هيات‌هاي موضوع بند ۳ ماده ۹۷، رد دفاتر موديان و تشخيص ماليات به‌طور علي الراس توسط سازمان امور مالياتي هستيم. شايد سازمان امور مالياتي با اين استدلال که طرح جامع مالياتي هنوز به‌طور کامل مستقر نشده است اين کار خود را توجيه کند؛ اما واقعيت اين است که ملاک تعيين مدت زمان قابليت اجراي مواد ۹۷، ۹۸، ۱۵۲، ۱۵۳، ۱۵۴ و ۲۷۱ قانون ماليات‌هاي مستقيم مصوب سال ۱۳۸۰ به تصريح تبصره ذيل ماده ۹۷ قانون اصلاح قانون ماليات‌هاي مستقيم سال ۱۳۹۴، سه سال از تاريخ ابلاغ اين اصلاحيه است که اين مدت عملا منقضي شده است و استناد به ساير ملاک‌ها مانند عدم اجراي نظام جامع مالياتي، شروع سه سال از ابتداي سال مالياتي ۱۳۹۵، تسري قانون جديد براي سال‌هاي عملکردي موديان که سه سال پس از تاريخ ابلاغ اين قانون آغاز مي‌شود، عدم تطابق زمان تعيين شده در قانون با رويه‌هاي مالياتي و.... اجتهاد در برابر نص صريح قانون است.
بر اين اساس، در حال حاضر، هر‌گونه تشخيص ماليات از طريق سازوکار ماده ۹۷ قانون ماليات‌هاي مستقيم ۱۳۸۰ و ۵ ماده ديگر مرتبط با آن، تشخيص علي الراس، مصوبات هيات‌هاي بند ۳ ماده ۹۷ و رد دفاتر موديان، خلاف قانون بوده و اين اقدامات سازمان امور مالياتي قابل ابطال در شعب ديوان عدالت اداري است.
پيشنهاد مي‌شود در صورتي که سازمان امور مالياتي قادر به اجراي مفاد ماده ۹۷ اصلاحي قانون ماليات‌هاي مستقيم سال ۱۳۹۴ نيست، با پيشنهاد اصلاح قانون، اين موضوع را در اسرع وقت حل و فصل کند.